Régi krónikáink szerint magyarok ütöttek elsőnek tanyát Eperjes napos domboldalán, és magyar király, Vak Béla nevezte el a várost, a környéken jellemző eperről.
Eperjesen a magyar történelem több kiemelkedő alakja is megfordult. Például a Rákóczi család, akiknek egyik házuk itt található. Ebben az épületben kötötte meg az egyezményt I. Rákóczi György a császár követeivel 1633-ban.
Eperjesen nyílt meg 1667-ben Magyarország egyik legnevezetesebb iskolája, a Felső-Magyarországi Evangélikus Rendek Collégiuma. A kollégium melletti evangélikus templom búskomor emléket is őriz. 1930-ban ide helyezték az eperjesi hóhér, Antonio Caraffa áldozatainak csontjait. 1687-ben a Thököly híveinek megbüntetésével megbízott császári tábornok vésztörvényszéke irdatlan mészárlást végzett a protestáns eperjesi nemesek és polgárok között. 24 embert kivégeztek, míg több százat kegyetlenül megkínoztak.
Caraffa vérpadja helyén később egy Mária-oszlopot emeltek.
A magyar időkről mesél a „nemes, méltóságteljes, barokk palota”, az 1783-ban épült vármegyeháza épülete is, ahonnan Sáros megyét egykor igazgatták.